ヨーロッパでは、闇の魔法使いグリンデルバルドが勢力を強め、魔法界世界の住人は怯えて暮らす日々を送っていた。そんな中、魔法動物学者ニュートが、ニューヨークに降り立つ。ところが、魔法のトランクに詰め込んでいた危険な魔法動物たちが逃げ出してしまい、人間の街は大パニック！大混乱を引き起こしたニュートは魔法省から追われるだけでなく、魔法省壊滅を目論む謎の組織も現われ、事態は予想もしなかった方向へと転がっていく―。